Não há localização padrão para isso; isso depende do ambiente da área de trabalho.
No GNOME 3, isso é armazenado em dconf / GSettings:
$ gsettings list-recursively org.gnome.desktop.default-applications.terminal
org.gnome.desktop.default-applications.terminal exec 'gnome-terminal'
org.gnome.desktop.default-applications.terminal exec-arg '-x'
$ gsettings set org.gnome.desktop.default-applications.terminal exec xterm
O mesmo para Cinnamon, exceto sob o domínio org.cinnamon.desktop.⋯
.
GNOME 2 costumava manter isso no GConf:
$ gconftool-2 -R /desktop/gnome/applications/terminal
exec = gnome-terminal
exec_arg = -x
$ gconftool-2 -s /desktop/gnome/applications/terminal/exec -t string xterm