Se estiver executando o Windows, você pode usar arquivos em lote . O comando para criar um diretório é mkdir
e você pode usar for
para percorrer os arquivos no diretório.
Isso deve funcionar, substituindo 'name' pelo nome que você quiser que as subpastas sejam chamadas e 'path \ to \ dir' com o caminho para o diretório que contém as subpastas. Salve isso como um arquivo terminado em .bat e execute-o ou execute o prompt de comando, digite e execute essas duas linhas.
cd path\to\dir
for /d %%g in (*) do mkdir "%%g\name"