Existem limitações de velocidade, dadas pela utilização de uma interface externa que pode não atingir a mesma velocidade que as internas (o caso mais comum é o USB3, que possui várias velocidades - todas bem abaixo das velocidades típicas de SATA). Também é verdade que os drives magnéticos não sofrerão tanto a diferença, enquanto os SSD são muito mais utilizáveis como drives de boot externos. Não há outras limitações, já que todos os principais sistemas operacionais podem ser inicializados a partir de uma unidade interna ou externa.
Como uma experiência pessoal, eu instalei o Windows 8 para inicializar a partir de um SSD externo conectado via USB, e foi bastante rápido - um pouco mais lento do que a partir de uma unidade interna, mas bastante utilizável.
Em qualquer caso, inicializar o computador a partir de uma unidade externa provavelmente exigirá mexer nas configurações da BIOS, seja porque o computador é um pouco antigo e não inicializará automaticamente de dispositivos externos primeiro ou muito novo e terá a inicialização segura ativada. Houve um lote de BIOS configurado para inicializar a partir de dispositivos externos primeiro, se disponível - pouco antes da introdução da inicialização segura. Não sei qual será o caso com o laptop MSI, mas acho que ele terá uma inicialização segura que você desejará desabilitar para que seus dispositivos de inicialização externos funcionem.
Você deve favorecer o SSD por sua velocidade, e o HDD por sua capacidade - idealmente, você teria AMBOS; um para iniciar o sistema operacional e outro para manter seus documentos.