Alterar o programa padrão para abrir uma extensão de arquivo não afetará o comportamento de outros programas que usam esse arquivo, portanto, abrir seus arquivos .java
no Notepad ++ não será um problema ao compilá-los.
Se na linha de comando, você pode usar o nome do programa se quiser abrir com um programa diferente do padrão, por exemplo:
notepad.exe test.html
Desde que notepad.exe
seja um PATH reconhecido, é claro.