Bem, toda distro irá lidar com configurações do jeito que acharem melhor, cada distro usará as ferramentas que acharem melhor para o trabalho (por exemplo, não diga a nenhum cara do Arch Linux que você irá criar uma ferramenta GUI para lidar com os espelhos lista! Você receberá uma grande resposta dizendo "THRERE JÁ É DIVERSOS E ELES SÃO CHAMADOS EDITORES DE TEXTO").
Depende apenas do modo de fazer as coisas e do pacote que foi criado para essa distro. Pacotes são criados para manter configurações aqui e ali, eles não são os mesmos para o mesmo pacote (eles podem ser, mas isso é apenas coincidência).
Concordo que parece um pouco confuso, mas seria um pouco complicado (se não impossível) convencer todos a adotar um lugar comum para todos os seus arquivos de configuração. Eles são dependentes do pacote.