Sim. Um slot PCI Express maior cabe em todas as placas PCI Express menores. Isso significa que você pode conectar uma placa x1, x2, x4 ou x8 em um slot x16, x4 em x8 e assim por diante.
O inverso também é verdadeiro. Você pode conectar um cartão maior em um slot menor, por exemplo, um cartão x16 em um slot x8, desde que o lado traseiro do slot esteja aberto. Claro que agora o cartão só pode operar a uma velocidade menor