Um dos pacotes que você está vendo é um pacote de transição, flashplugin-nonfree . Este foi o nome do flash no repositório por um longo tempo. Em determinado momento, o plugin Adobe Flash foi renomeado para outra coisa, flashplugin-installer . Não me lembro das razões para isso acontecer. O pacote mais antigo depende do mais recente para facilitar as atualizações das pessoas, de modo que, se você tivesse instalado flashplugin-nonfree no passado, teria o flashplugin-installer adequado quando atualizou.
Em 10.10 há apenas flashplugin-installer . Idealmente, o Centro de Software deve apresentar apenas uma opção ao usuário, o que provavelmente é um erro. Escolher qualquer um fará a coisa certa. O prompt no Firefox instala flashplugin-installer , então, se você escolher, ficará bem.
O site da Adobe me oferece a opção de .deb e "APT for Ubuntu 9.04+". A opção apt apenas ativa o canal do parceiro no Centro de Software e instala o canal certo de qualquer maneira. (É o mesmo pacote!) Não tenho certeza se o .deb instala automaticamente seu repositório para obter atualizações, então é provavelmente o menos desejável dos três.