Eu tive o mesmo problema em que (menu de contexto da área de trabalho) → Exibir → Mostrar ícones e as caixas de seleção nas Configurações do ícone da área de trabalho não pareciam importar.
Eu comecei a suspeitar de HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\Shell\Bags\Desktop
porque meus ícones restantes estavam em todo lugar. Acabei de excluí-lo - depois de exportá-lo - e reiniciar o computador. Todos os ícones voltaram em seus locais padrão.
Eu também deletei Users\my username\AppData\local\IconCache.db
, embora eu não ache que tenha feito nada porque eu já tentei antes.