Embora eu nunca tenha usado paralelos, todos os outros softwares de VM que vi permitem que você crie vários "drives virtuais" e cada um deles pode ser representado por um arquivo separado.
Você pode colocar o seu pequeno arquivo "C:" virtual no seu SSD e colocar o seu "D: virtual" lento em uma unidade de disco grande separada.
EDIT: Aqui está um link para a documentação de paralelos sobre como adicione uma unidade virtual adicional à VM.