Como Ramhound apontado no comentário, os arquivos podem se tornar fragmentados, o que significa que eles não ocupam um espaço contíguo em um meio. Quando você exclui o índice para um arquivo, o programa de recuperação precisa agora examinar toda a mídia para encontrar todas as peças para reuni-las. Isto é apenas para um arquivo. Imagine quanto tempo esse processo é para cada arquivo.