Tente remover todos os seus plugins do Notepad ++. Em seguida, reinstale apenas o plug-in do Explorer. Se funcionar, então outro plugin do Notepad ++ que você instalou provavelmente estava interferindo no plugin do Explorer.
Eu tenho procurado o gerenciador de plugins para isso, mas quando eu instalei o plugin "Explorer", ele travou totalmente o aplicativo. Não foi possível iniciá-lo novamente, até que eu removi o .dll do diretório plugins.
Alguma ideia sobre isso?