Sim. Proteja suas chaves usando uma frase secreta.
ssh-keygen -p -f ~/.ssh/id_rsa
Isso adicionará uma senha a uma chave existente criada sem uma. Você terá que digitar a senha quando usar a chave, e isso pode (ou deve!) Ser uma senha diferente da sua conta de usuário principal, caso ela seja comprometida.
Além disso:
- Criptografar seu volume do OS X
- Criptografar seu backup do Time Machine
Não há realmente nenhuma razão para não fazer isso.
Qualquer adulteração na criptografia da pasta ou seu bloqueio no nível do sistema de arquivos dificultará o trabalho real, o que prejudica a finalidade da segurança, porque você acabará esquecendo de "bloqueá-la" novamente.