A opção list
não mostra que há um caractere EOL na linha final, mostra onde está o final da linha.
Quando o buffer é carregado, você deve ver algo assim no primeiro caso (sem EOL):
"file.txt" [noeol] 1L, 4C
e algo assim no segundo caso (EOL):
"file.txt" 1L, 5C
Observe o [noeol]
no primeiro caso e a contagem de caracteres diferentes.