Depende de como isso é feito.
Se é política (não sei sobre isso) ou por agendador local, o administrador local pode alterar a política.
Se o comando de desligamento remoto e emitido para o desligamento imediato. É difícil fazer algo, exceto remover administradores de domínio do grupo de administradores locais.
Se o desligamento remoto com tempo limite. Nesse tempo limite, outro administrador (local) pode cancelar o processo de desligamento.
Assim, após cada inicialização e login, as alterações locais podem ser sobregravadas por domínio e precisam ser restauradas de alguma forma.