Sim, existe. Você pode controlar como os comandos são salvos no histórico com a variável shell HISTCONTROL, tudo que você precisa fazer é colocar a linha
HISTCONTROL=erasedups
no seu .bashrc. (Eu prefiro apagamentos sobre ignoredups, como ele coloca o último comando que eu digitei sempre no topo da história. Desta forma eu não tenho que olhar quando eu quero repetir o último comando que eu digitei.)