Parece estar corrigido em:
$ meld --version
meld 3.12.1
Em algum momento (que infelizmente não anotei com precisão, mas é razoável acreditar que foi depois de uma operação apt-get (dist-)upgrade ), o realce de fundo do meld parou de ser exibido corretamente.
Na captura de tela a seguir, você pode ver que o realce azul claro está faltando nos dois painéis de texto:

Compareporexemplocomacapturadetela
EutenteiprocuraroproblemalendosobreoGtkCss(queaparentementeestáusandoomeld)echegueiaverificarsemeu/usr/share/meld/meld.csstemoconteúdocorreto,masnãotenhoideiadoquefazeraseguir.
EstouexecutandooDebianJessie,oGNOMEe$meld--versionreturnsmeld3.12.0.
Nãoconsigoencontrarnenhummenuouopçãodelinhadecomandoparaacessaromenu"Preferências" na versão que estou usando.