Se eu entendi corretamente, você está usando o Vagrant com sua pasta compartilhada padrão ativada. Então, o que acontece é que o / vagrant está sendo montado na inicialização. Quando você desligar a máquina, o / vagrant será desmontado. Portanto, nenhum dado é realmente salvo dentro da VM.
O que você pode fazer é usar o Vagrant mecanismo rsync em vez de Pastas compartilhadas. Dessa forma, você copiará arquivos da máquina host para a máquina convidada.