Assumindo que você não cd / chdir em qualquer lugar em seu código, os caminhos são relativos ao seu diretório atual quando você iniciou o programa Java (não a localização do próprio programa Java).
Eu tenho um programa Java que executa um monte de scripts python e shell, que por sua vez irão chamar outros scripts python / shell. Se eu usar caminhos relativos em qualquer um dos scripts, os caminhos seriam baseados onde o programa Java original foi executado? Ou seria um local diferente?