Eu uso o FAT32 com um split VMDK pré-dividido / 2G e nunca tive problemas: O ponto é que os metadados no sistema de arquivos nunca mudam (além dos tempos de arquivo) - isso mitiga a maioria dos pontos fracos do FAT32 - executando o FAT32 com qualquer Um arquivo crescente é um risco que você pode ou não estar disposto a assumir.
O que resta é a falta de permissões de acesso do FAT32 - você terá que decidir se é um show-stopper.