O único benefício que você obterá ao criptografar o diretório dessa maneira é que, se alguém fisicamente roubar seu servidor e tentar ler o disco rígido, ele não conseguirá fazê-lo sem saber a frase secreta de criptografia. Se você precisar ler constantemente os dados desse diretório, ganhará muito pouco criptografando os arquivos, pois é mais provável que os invasores tentem acessá-lo remotamente do que roubando o servidor ou o disco rígido. Além disso, você terá que inserir manualmente a frase secreta de descriptografia toda vez que você reinicializar esse sistema, o que aumentará a complexidade de sua configuração.
Se você precisa satisfazer alguns requisitos de dados em repouso, é melhor investir em um desses discos rígidos com criptografia automática, contanto que o BIOS do sistema ofereça suporte a ele.