O Batch não pode fazer isso. Mas o PowerShell pode
Aqui está um exemplo muito simples para abrir duas janelas do Internet Explorer e movê-las / redimensioná-las
$ie1 = new-object -comobject InternetExplorer.Application
$ie1.navigate("http://google.com")
$ie1.visible = $true
$ie1.top = 10
$ie1.width = 790
$ie1.height = 790
$ie1.Left = 10
$ie2 = new-object -comobject InternetExplorer.Application
$ie2.navigate("http://bing.com")
$ie2.visible = $true
$ie2.top = 10
$ie2.width = 790
$ie2.height = 790
$ie2.Left = $ie1.Left + $ie2.width