Isso parece um problema com o funcionamento do Office com documentos. Ele muda para a última abertura quando recebe foco, não a folha em que você trabalha, porque todas as folhas são armazenadas em uma janela.
Eu conheço uma solução alternativa abrindo uma segunda instância do excel clicando em Shift e clicando em Excel na barra de tarefas (windows 7 e acima). Abrir o outro excelfile nessa instância não fará com que você troque para essa instância ao imprimir o primeiro. E desta forma, você também pode facilmente colocar o excel em 2 displays ou lado a lado usando win + seta para a esquerda e win + arrow direito