1) Eu não acho que os PPAs possam ser preferidos 'over' dos repositórios principais; em vez disso, eles devem ser usados além dos repositórios do núcleo quando você precisar de algo diferente (isto é, o Apache mais recente) que a distribuição não fornece
O PPA permite instalar e atualizar softwares e rastrear dependências usando os mesmos recursos 'padrão' de descoberta, instalação e atualização como apt-get, synaptic, gerenciador de software e assim por diante.
2) Pode haver problemas de compatibilidade, ou seja, quando eu instalar o PHP do PPA, não posso instalar uma versão diferente do PHP a partir do repositório padrão. Eu posso ter apenas um produto com o mesmo nome por vez.
Se eu tiver que instalar algo realmente exótico, eu prefiro construir a partir do código-fonte e instalar junto com a versão fornecida pela distro no caminho diferente (em / usr / local e assim por diante)
3) Geralmente eu procuro por solução para algum problema (por exemplo, instalar o PHP 5.3 no Ubuntu que forneceu o PHP 5.4) e com um link para algum PPA na entrada do blog de alguém
Os PPAs são diferentes em termos de como são mantidos (aqui a palavra 'Pessoal' em seu nome); alguns são menos bem mantidos e alguns são mantidos melhor. Eu tentaria ver qual deles pode instalar no seu sistema e trabalhar sem problemas. Normalmente você deve ser capaz de desinstalar o software do PPA e retornar aos pacotes originais e, em seguida, tentar algo diferente.