Ok, vamos tirar tudo do começo:
Instale o docky usando o terminal sudo apt-get install docky
digitado.
Corra digitando docky
ou através de Accessories- > Docky, que dará a você como início da saída o texto que você digitou, mas isso não é tudo.
Verifique se você tem as bibliotecas mais recentes que devem ser instaladas para executar o docky (conforme encontrado no site oficial do docky):
* bzr (>= 0.92)
* dbus-sharp-1.0
* dbus-sharp-glib-1.0
* gconf-2.0
* gconf-sharp-2.0
* gconftool-2
* gdk-2.0
* gdk-x11-2.0
* gio-sharp-2.0
* glib-2.0
* glib-sharp-2.0
* gobject-2.0
* gtk+-2.0
* gtk-sharp-2.0
* gnome-desktop-sharp-2.0
* gnome-keyring-sharp-1.0
* mono-addins, mono-addins-gui, mono-addins-setup
* mono-cairo
* notify-sharp
* libtool
* mono-gmcs
* rsvg-sharp-2.0
* wnck-sharp-1.0
Então você poderá executar o programa.