Você exporta como PDF / A-1a? Certifique-se de que a opção PDF / A-1a esteja desativada ao exportar para PDF, pois o PDF / A-1a não permitir objetos transparentes :
BTW: Isso afeta todos os tipos de arquivos do LIbreOffice / OpenOffice.org exportados para PDF; Os arquivos do Calc / Writer também podem conter conteúdo transparente.