O comando chroot (ou chamada de sistema) altera o diretório raiz de um processo específico (ou conjunto de processos). Então, um processo iniciado como /home/user/bin/program poderia ser chroot'ed para /home/user/ . Para o processo /home/user apareceria como / (o diretório raiz), portanto, seria impossível acessar quaisquer arquivos de diretórios acima de /home/user (e, assim, (possivelmente) tornar o sistema mais seguro).
Em seguida, o que você está pedindo é impossível. O Chroot é um recurso do kernel do Linux. Ele não permitirá que você faça virtualização ou até mesmo execute um sistema operacional diferente. Se você quer rodar o Windows na sua caixa Linux, eu sugiro que você procure em VirtualBox ou Linux KVM .