Sugiro que você apenas altere a hora em que as atualizações estão instaladas ou faça o que eu faço, informando ao Windows para fazer o download das atualizações, mas instalá-las manualmente.
Como alternativa, você pode tentar estas etapas para impedir que ele seja reinicializado automaticamente:
1. Click Start
2. Type "gpedit.msc" and press enter
3. Navigate down the tree on the left-hand side to Computer Configuration, Administrative Templates, Windows Components, Windows Update
4. In the list you should see an option entitled "No auto-restart with logged on users for scheduled automatic updates installations" - double-click that
5. Change the setting at the top-left to Enabled and click OK
6. Close the window
7. Restart computer for policy changes to take effect
Você também pode jogar com algumas das outras opções como "Atraso Reiniciar para instalações agendadas", por exemplo, o padrão é 15 minutos, o que é bastante curto, mas se você ativar a configuração acima, essa não será aplicada.
Espero que ajude