A resposta curta: sim. Inicialize sua mídia de instalação do linux, diga para instalar na unidade não-Windows e pronto.
Para responder às pequenas perguntas que você tinha:
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Você não precisará das duas unidades conectadas o tempo todo.
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Você não pode realmente mover essas unidades entre computadores diferentes para usá-las (devido a diferentes configurações do sistema). Com o Linux, é um talvez (o Windows é quase um definitivo não), mas você deve usar um pen drive ou algo com uma instalação portátil se você quiser mover o seu SO entre computadores.
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Você não precisa definir nenhuma configuração mestre / escravo, já que está usando o SATA.
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Se cada unidade tiver seu próprio gerenciador de inicialização, você poderá escolher através do BIOS a cada vez.