"Ativo" significa simplesmente que essa é a partição na qual seu BIOS (firmware) procurará pelo primeiro arquivo de inicialização do sistema operacional - para o Windows 7 que é o BootMgr.exe.
( Na verdade, é um pouco mais complicado. A BIOS sempre carrega o registro mestre de inicialização da unidade que você configurou para inicializar nas "Configurações da BIOS". O MBR é sempre setorial 0 e não faz parte de nenhum "sistema de arquivos". O MBR contém a tabela de partições primárias - máximo de quatro - e uma pequena quantidade de código (440 bytes). Uma das partições é marcada como "ativa" na tabela de partições. O código do MBR carrega o primeiro bloco da partição ativa (também não faz parte de qualquer sistema de arquivos), que é chamado de "registro de inicialização de volume". O código do primeiro bloco do VBR lê o restante do VBR; pode ser vários blocos. Este, por sua vez, tem código suficiente para encontrar e ler um arquivo executável do diretório raiz da partição, e transferir o controle para ele. Para uma partição Windows Vista ou posterior, isso é BootMgr.Exe, para versões anteriores era NTLDR.
Sistemas operacionais diferentes requerem diferentes conteúdos VBR. Sistemas de arquivos diferentes também - o Windows VBR para uma partição FAT32 é diferente daquele para uma partição NTFS, porque o código no VBR tem que entender o suficiente da estrutura do sistema de arquivos para ler o primeiro arquivo de inicialização do sistema operacional. Esse arquivo, por sua vez, sabe o suficiente para ler diretórios, etc. )
No Windows, o Banco de Dados de Configuração de Inicialização (BCD) também está na partição ativa. O sistema operacional real pode estar em outra partição e geralmente é.
Se você usar um gerenciador de inicialização multi-OS, como o GRUB (como eu espero que você queira), você quer isso na partição ativa. Isso não significa que essa é a única partição acessível.