Você já tentou algo como:
@echo off
for %%i in (*.avi) do (
ffmpeg -i "%%~i" -vcodec copy -acodec copy -ss 00:00:00 -t 00:00:05 "D:\Ebook\%%~ni_1.avi"
ffmpeg -i "%%~i" -vcodec copy -acodec copy -ss 00:00:05 -t 00:00:10 "D:\Ebook\%%~ni_2.avi"
ffmpeg -i "%%~i" -vcodec copy -acodec copy -ss 00:00:10 "D:\Ebook\%%~ni_3.avi"
)
pause
Observe que eu não estou familiarizado com o globbing do Windows em arquivos em lote. Presumo que %% ~ i esteja correto.