Isso ocorre porque o Windows sabe que você não desconectou a unidade antes. Eu acho que há um sinalizador de desmontagem no nível do sistema que é definido quando uma unidade é ejetada com segurança; isso não foi definido para a sua unidade e, portanto, o Windows oferece para 'corrigi-lo' (provavelmente pela verificação de corrupção do sistema de arquivos.
É altamente recomendável que você faça uma ejeção segura, pois o sistema operacional verifica se ainda há programas acessando sua unidade e o avisa. Além disso, se o cache de gravação estiver ativado para sua unidade, você poderá perder alguns dados.
Acho que você pode superar a situação atual permitindo que o Windows escaneie a unidade. Você não deve ser avisado no futuro se desconectar a unidade normalmente.
PS: É possível perder dados puxando a unidade sem desconectá-la com segurança primeiro. Isso aconteceu comigo duas vezes. Depois que um conjunto de arquivos que eu copiei foi perdido e em outro momento, toda a tabela de partições estava corrompida e o Windows me pediu para formatá-la na próxima vez que eu a conectasse.