para um diretório, abra uma janela de prompt de comando, cd
para a pasta desejada e
for %f in (*.txt) do UNIX2DOS %f ...
ou para todos os subdiretórios, use a opção / R
for /R %f in (*.txt) do UNIX2DOS %f ...
Pode valer a pena lembrar que, ao contrário do notepad, editores como o wordpad e o notepad ++ estão satisfeitos com o LF como finais de linha.
Se você estiver convertendo vários arquivos de texto, considere converter em UTF-8 usando algo como recode
ou iconv
.