Não, por favor, não o formate em nenhum evento, caso contrário seus dados serão certamente excluídos.
Pode haver perda de dados no meio da gravação no USB, o que possivelmente danificou a Tabela de alocação de arquivos (FAT).
Você pode tentar procurar por um software de recuperação de cartão USB / SD que possa ler todos os setores do seu pen drive, que podem ter a chance de recuperar seus arquivos.