Sim, mas apenas se você estiver preocupado com segurança / permissões.
As configurações padrão de segurança no nível do sistema de arquivos para uma unidade que não seja do sistema são ligeiramente diferentes daquelas na unidade do sistema.
Isso pode (em alguns casos) afetar a maneira como o serviço interage com o restante do SO ou conceder a outros usuários acesso indesejado aos arquivos que o acompanham.
Não há realmente nada tecnicamente contra isso de uma perspectiva de software puro. É bastante comum instalar o software aplicativo (incluindo os serviços) em outra unidade que não C:.
O software que possui demandas de segurança específicas nesse sentido normalmente, durante a instalação, define as propriedades do sistema de arquivos como adequadas para o aplicativo e seus serviços.
Normalmente, não há problema algum.
Certifique-se de que D: não é uma unidade removível! Não só por causa do risco óbvio de ser ejetado durante o uso; ser removível faz com que o Windows configure as permissões de maneira um pouco diferente, mas de uma maneira diferente, e isso pode atrapalhar seriamente um aplicativo.
Descobri isso da maneira mais difícil com uma instalação do WSUS em uma unidade D :. (Veja isso no Serverfault: link )