Solução
Primeiro, você deve verificar se a variável runscript
está vazia e, em seguida, verificar se ela está realmente definida:
:begin
set runscript=
set /p runscript="Press The Desired Key and Press Enter ="
if not defined runscript goto :begin
if %runscript% == 1 goto :setup
if %runscript% == 2 goto :start
if %runscript% == 3 goto :show
if %runscript% == 4 goto :stop
if %runscript% == 5 goto :end