Você provavelmente tem problemas de particionamento devido à maneira como os HDDs e SSDs armazenam dados. Eu vi ferramentas de clonagem bagunçar quando você usa dois tipos diferentes de discos.
Eu sugiro que você primeiro compare as tabelas de partição de seus discos usando o Diskpart.
Anexe os dois discos ao seu computador e inicie a partir daquele que funciona. Se isso não for possível, você pode conectar o outro via USB ou depois de inicializar se você tiver o AHCI habilitado.
Inicie o prompt de comando e digite Diskpart. Depois que começar, siga isto:
list disk
select disk n
* n significa o número do disco, algo como o disco 0
list partition
Verifique seu SSD contra o HDD. Verifique se o seu deslocamento corresponde. Normalmente, você precisa de um deslocamento de 1024KB antes da primeira partição e, se não estiver lá, ou não exatamente 1024 KB, você terá problemas.
Se o seu deslocamento não corresponder, você poderá formatar a unidade que deseja clonar e usa o Diskpart para criar o deslocamento necessário da partição . Basicamente, você cria a primeira partição com deslocamento de 1024 KB. O tamanho das seguintes partições não importa.
Depois disso, você pode usar EaseUS ou Macrium Reflect ou o que quer que seja para clonagem de partições.
Você precisará usar o DVD de instalação do Windows ou o Recovery USB ou algum utilitário de terceiros para restaurar o bootloader. O Bootrec está incluído no Windows, use os comandos fixboot e fixmbr.
Existem muitas armadilhas para a clonagem de disco, mas, na minha opinião, esse é o problema mais provável.
Outra indicação de que offset é o problema é tentar iniciar o Startup Repair e ele não consegue detectar ou reparar seu registro de inicialização.