Muitas vezes, uma pesquisa binária onde você desabilita metade dos seus plugins, então apenas metade disso (quando o problema ainda está lá), ou a outra metade (quando o problema desapareceu) permite chegar ao script problemático rapidamente. O mesmo pode ser feito com a configuração no seu ~/.vimrc
(comentando blocos). Mas para problemas de aparência esporádica, isso é muito complicado (você tem que trabalhar sem alguns de seus plugins por longos períodos) e é improvável que tenha sucesso (pode levar muito tempo para detalhar adequadamente o plug-in (que você apenas suspeita ser o causa)). Então, a menos que você encontre uma maneira de "forçar" falhas, isso não é aplicável.
Eu tentaria executar o Vim com o registro permanentemente ativado:
$ vim -V20vimlog
Não é garantido capturar as últimas declarações, mas você pode ter sorte.
Além disso, tente atualizar freqüentemente para as últimas versões de desenvolvimento do Vim; o problema pode ter sido corrigido nesse meio tempo.