Se eu entendi corretamente, o problema é que você não tem a interface do VirtualBox.
O VirtualBox possui uma linha de comando bastante poderosa. Você pode criar sua máquina com:
VBoxManage createvm Name
Você precisará usar
VBoxManage modifyvm options
para configurar a máquina. Você pode criar um hd virtual com:
VBoxManage createhd
Você pode ler o manual on-line. É muito completo e há ainda mais opções do que usar a GUI.
Primeiro, você não pode usar o arquivo .deb, porque isso trará o Qt e todas as suas dependências. Você deve usar algumas das opções alternativas instalação .
Finalmente, configure o CD virtual do VBox para usar um CD real do Windows.iso ou do servidor e inicie a máquina com:
VBoxHeadless -s MachieName
Isso iniciará a máquina e escutará conexões RDP na porta 3389 (padrão). Basta usar o rdesktop ou um software semelhante da sua área de trabalho para se conectar a ele e fazer todas as coisas de instalação do Windows.