Este não é um problema do Ubuntu, mas sim um erro do Opera e aparentemente está presente desde a versão 10.60 do navegador. Ele foi levantado como tal com a equipe da Opera (o ID é DSK-324216), mas como não houve nenhum movimento em quase um ano desde que o reportei, não estou muito esperançoso de que ele seja consertado.
Eu descobri uma solução alternativa que envolve a criação de um arquivo .css em ~/.opera/styles/user
e o preenchimento com:
pre, code {
font-family: "Ubuntu", sans-serif;
}
Você pode selecionar esse arquivo em Preferências > Avançado > Conteúdo > Opções de estilo ... > Minha folha de estilo.