Minha recomendação pessoal é usar um programa gratuito chamado TrueCrypt para criptografar o arquivo. O TrueCrypt funciona com o OSx e é um programa confiável para criptografar arquivos / discos rígidos / etc.
Você pode então criptografar o arquivo PDF com o AES. Apenas lembre-se de usar uma senha strong como chave, ou a criptografia será inútil. O arquivo estará a salvo de um invasor, presumindo que a chave que você usa é strong e desconhecida pelo invasor.