Na verdade, muitos aplicativos de área restrita não funcionam diretamente na conta raiz, e o Mavericks parece ter feito algumas alterações em relação a isso. A Mac App Store especificamente parece ter problemas para acessar determinados arquivos fora do alcance do sandbox normal e mostra o seguinte erro no Console:
kernel[0]: Sandbox: App Store(2054) deny file-write-data /private/var/db/mds/system/mds.lock
Não parece haver uma maneira de contornar isso, além de usar um usuário diferente de root.