Se você PAUSOU a máquina virtual, ela ainda estará em, mas "pausada", seu estado é mantido na memória. Os discos virtuais podem estar em um estado intermediário (eles podem estar gravando vários blocos no disco rígido e pausados no meio). Se você SUSPENDED a máquina virtual, ela seria fechada (seu estado atual é armazenado em disco na máquina virtual) e você pode obter um bom backup. Se você fizesse uma pausa, eu pensaria que as imagens ficariam bem, exceto que seria o mesmo que desligar uma máquina Windows no meio dela. Você pode ter discos corrompidos.
Quando você faz backup com a máquina do tempo, precisa ter cuidado ao ter VMs abertas (ou qualquer aplicativo que mantenha arquivos abertos). Eu geralmente uso manualmente a máquina do tempo e me certifico de que todos os aplicativos estejam fechados para o dia antes de iniciar o backup da máquina do tempo. Eu nunca tive um problema ao restaurar a VM.
Possíveis soluções para restaurar a máquina virtual em questão. Você realmente tentou restaurar os arquivos individuais na VM? Use a restauração para um local diferente. Você tem que selecionar a VM e CTRL-Click e selecione mostrar o conteúdo do pacote para ver o conteúdo completo da VM. Os arquivos que você está realmente preocupado são aqueles que terminam em ".VMDK". Este é o disco virtual. Se você puder restaurar tudo isso, poderá recriar a máquina virtual e anexar os arquivos ".VMDK" a essa máquina.