Se você tiver absoluta certeza de que há apenas uma instância de Minha subpasta, então:
@echo off
Set StartFolder=D:\Path\To\A\Folder
for /f "tokens=*" %%a in ('DIR /s /b /ad "%StartFolder%"') Do del "%%a\Bad File.txt"
Basta alterar o caminho de "StartFolder" na linha dois para a pasta que você deseja começar a procurar.
Embora eu realmente não ache que procurar pela pasta melhore o tempo que leva (não muito pelo menos).