O motivo é que você compila o kernel de maneira errada.
Se você executar make
você constrói um kernel não-Debian e realmente obtém um kernel mainline.
Para obter um kernel do Ubuntu, compile-o
fakeroot debian/rules clean
fakeroot debian/rules binary-headers binary-generic
Além disso, se você criar um kernel personalizado, precisará instalar cabeçalhos personalizados.