Quando você compila o aplicativo como AnyCPU, o programa será executado como 32Bit em um 32Bit e como 64Bit em um Windows 64Bit. E quando você só tem o 32Bit Engine instalado, você recebe um erro. Além disso, a instalação lado a lado do motor 32Bit e 64Bit não é suportada.
A solução é explicitamente compilar o aplicativo como x86 (32Bit). Agora ele roda o tempo todo como um aplicativo 32Bit e usa o mecanismo 32Bit.