POP3 é um protocolo unidirecional, uma vez que você faz o download de mensagens, ele reside em seu cliente de email POP3 e não tem mais nenhuma comunicação com o servidor até a próxima vez que você pesquisar novas mensagens.
Este artigo elabora: link
Alguns servidores de e-mail bloqueiam a função 'delete' do POP3 e mantêm uma cópia no servidor, mas, ao contrário do IMAP, não há relação cliente / servidor.
Sua melhor opção é recriar seu perfil de email usando IMAP (ou Exchange ActiveSync, se for um servidor Exchange / Outlook.com) para que seu cliente possa se comunicar bidirecionalmente com o servidor.