Se você tiver o armazenamento disponível, use DriveImageXML para fazer um backup de toda a sua unidade, apenas no caso de haver arquivos / diretórios de configuração negligenciados durante o backup.
Se você estiver fazendo uma atualização no local, o Windows não removerá propositalmente seus arquivos nem o gerenciador de inicialização. (Erros não intencionais, como falhas de energia, ainda podem ocorrer.) Faça backup do que você estiver confortável.
Se você estiver planejando limpar toda a partição, desconecte quaisquer outras unidades físicas que não estejam sendo usadas, pois o Windows pode, às vezes, instalar o carregador de inicialização em uma unidade diferente. Isso deve manter os arquivos em seus outros drives seguros.