Esta é uma situação em que a melhor prática seria consultar um advogado. O que você quer fazer é garantir que você "possui" completamente o software em questão sem qualquer tipo de confusão. Neste ponto, uma vez que você tenha estabelecido a propriedade (presumivelmente através de direitos autorais), você pode ir da maneira que quiser com ela. Você pode oferecer para licenciá-lo ou vendê-lo diretamente, incluindo direitos autorais. Eles podem não gostar da ideia de licenciar isso se houver um mercado competitivo em seu setor, já que licenciar significa que você também seria capaz de licenciá-lo para seus concorrentes.
Se você quiser "dar" a eles, faça um favor a si mesmo e salve-se depois ... publique o software como "código aberto" sob algo como a licença Apache ou a licença GPL (dependendo de qual exata licença em conformidade com) e, em seguida, dar a eles. Isso impedirá que eles esperem seis meses e, em seguida, licenciam esse software por conta própria e ganham dinheiro com sua ideia sem o seu benefício. Lembre-se de que, tanto quanto seu supervisor e seus companheiros possam gostar de você, o negócio está no negócio para ganhar dinheiro, não para ser seu amigo. Se a empresa não quiser o software de código aberto, você deve vendê-lo a eles. Mesmo se você fizer isso por uma quantia relativamente pequena de dinheiro, você deve ser compensado de alguma forma.
Apenas certifique-se de ter o software primeiro, caso contrário, eles provavelmente só pegarão o que você tem e não lhe darão nada, o que é uma história que muitos desenvolvedores já viveram ao longo dos anos.