Não, o Windows não oferece uma maneira de você ter um registro personalizado por aplicativo. Seria ir contra porque eles têm o registro (central) em primeiro lugar. :)
Você precisa de um utilitário de terceiros para ajudar na sua execução.
Para mais informações sobre como lidar com o registro e aplicativos portáteis, talvez confira o que o PortableApps.com tem a dizer sobre isso (versão curta: use o launcher):