Antes de executar: java -jar gdx-setup.jar
você terá que definir a variável de ambiente JAVA_OPTS executando: export JAVA_OPTS="-Dhttp.proxyHost=myproxy -Dhttp.proxyPort=8080"
. Se você estiver executando clicando duas vezes no arquivo jar, será necessário configurar a variável de ambiente do sistema.
Esperança ajuda, considera!